Oczyszczacze powietrza HEPA są dziś stosowane w miejscach takich jak domy, salony piękności, samoloty, laboratoria, szpitale i sale operacyjne, ponieważ są najlepsze w filtrowaniu powietrza.
Są najbardziej wydajne w usuwaniu 99,97% pyłu, pyłków, bakterii, pleśni i innych zanieczyszczeń. Im bardziej negatywnie odczuwasz wpływ unoszących się w powietrzu cząstek lub im bardziej zanieczyszczone środowisko, tym bardziej powinieneś zainstalować system filtracji w standardzie HEPA w porównaniu z innym rodzajem filtra powietrza. Szpitale stanowią jeden z najbardziej unikalnych i wymagających budynków dla ekspertów w dziedzinie filtrów powietrza. Wynika to z różnorodności przestrzeni oraz różnych wymagań i przepisów każdego z nich, od magazynów, przez ogólne sale opieki i gabinety badań, po chirurgiczne sale operacyjne i apteki czy laboratoria. Ze względu na odpowiedzialność prawną związaną ze standardem opieki, większość szpitali instaluje filtry HEPA. Tutaj również istnieje niewielka różnica między filtrami HEPA typu cleanroom instalowanymi w suficie, a filtrami HEPA lub HVAC instalowanymi w kanale. Oba mają wady i zalety, ale filtry HEPA typu cleanroom zapewniają bezpieczniejsze i czystsze środowisko. Oczyszczacze powietrza zmniejszają zanieczyszczenie w szpitalach i ośrodkach zdrowia, szczególnie jeśli jest użyty dokładny filtr F7.
Zanieczyszczenie pomieszczeń w tych obiektach może być jeszcze bardziej groźne niż gdziekolwiek indziej, ponieważ ludzie znajdują się w bezpośredniej bliskości wirusów, bakterii i środków dezynfekujących przenoszonych przez powietrze. Te wirusy i bakterie mogą osiedlić się w dowolnym miejscu i zakazić innych pacjentów. Rozwiązaniem tego problemu jest wprowadzenie oczyszczacza powietrza do gabinetów lekarskich, który będzie w stanie usunąć cząsteczki z powietrza, zanim osiądą i zainfekują innych. Mogą również eliminować toksyny ze środków dezynfekujących, które mogą być równie niebezpieczne jak same wirusy.